1750. május 3-án született Modoron. Apja evangélikus pap volt. A gimnáziumot Sopronban és Pozsonyban végezte. A magyaron kívül beszélt latinul, görögül, héberül, németül, franciául és szlovákul. Pályáját Forgách Miklós nyitrai főispán titkáraként és jogtanácsosaként kezdte. Itt ismerkedett meg a francia enciklopédisták írásaival1778-ban került Széchényi Ferenchez, itt készítette el a horpácsi Széchényi-könyvtár katalógusát. Az 1790-es évek elején Bécsben találkozott először Kazinczy Ferenccel, és ami végzetessé vált számára: Martinovics Ignáccal is.
Latin nyelvre fordította a jakobinusok alkotmányát, terjesztette a reformátorok "kátéját". Több aláíratlan, 1. Ferencet bíráló munkája jelent meg. Hozzákezdett a magyar jobbágyság sorsát összefoglaló munkájához, amelyre Széchényi Ferenctől ötven aranyelőleget is kapott, de művével csak 1244-igjutott el. Minden munkáját betiltották.
Martinovics után Hajnóczyt is elfogták Bécsben, később Budára hozták. A királyi ítélőtábla fej- és jószágvesztésre ítélte. 1795. május 20-án a Vérmezőn kivégezték. Bátran halt meg. Utolsó szavai: "Ne higgyék, hogy gonosztevő valék! Szándékaim jók és tiszták voltak. Az igazság áldozataként halok meg."
A sopronhorpácsiak őt valóban csak az emlékezetükben őrzik, amelyet azzal érdemelt ki, hogy 1778-1780 között Széchényi Ferenc könyvtárosaként itt élt, és elkészítette a sopronhorpácsi gyűjtemény katalógusát.
